Il dispute de nombreuses battles avec d'autres improvisateurs comme Chilly Gonzales, Didier Lockwood, Antoine Hervé, Bobby McFerrin, Bruno Fontaine, Andy Emler, Yaron Herman, Dimitri Naïditch...
Jean-François Zygel est aujourd'hui reconnu comme l'un des meilleurs spécialistes de l'accompagnement de films muets en concert. En 2012, il met en musique quatre films de Murnau au Théâtre national de Toulouse et au Théâtre du Châtelet.
Homme de spectacle, Jean-François Zygel est en résidence depuis 2008 au Théâtre du Châtelet avec les Nuits de l'improvisation et les Concerts Enigma, dont chaque édition est la transposition musicale et scénique d’une grande œuvre littéraire (Le Petit Prince, L'Écume des jours, La Guerre des mondes, 20.000 lieues sous les mers…).
Il est également nommé « artiste en résidence » à la Philharmonie Luxembourg pour les saisons 2015-2016 et 2016-2017.
Jean-François Zygel est professeur au Conservatoire de Paris, où il a fondé il y a quinze ans la classe d'improvisation au piano.