Situés à l'entrée du Vieux Port, les jardins des migrations font la liaison entre le MuCEM et le Fort Saint Jean. Ce fort emblématique de la ville de Marseille doit son nom à la commanderie des Hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem, qui s'est établie dans la ville à la fin du XIIème siècle.
Mais si l'édifice s'est développé à partir de cette date, on trouve des traces d'une occupation grecque datant du VIème siècle avant JC. Pendant la seconde guerre mondiale, le bâtiment a été touché. Le Fort Saint Jean a été classé aux Monuments Historiques en 1964.
Les jardins des migrations, viennent d'obtenir une distinction : le prix national des Victoires du Paysage en 2014. Ce concours, institué en 2008 par Val’hor à l’initiative de sa Commission des Métiers du Paysage (COMEP) récompense les maîtres d'ouvrages ayant fait appel aux professionnels du paysage pour la réalisation de leurs projets à toutes les échelles.