Depuis le Moyen Age, il garde ce passage entre le golfe de Fos et l'Etang de Berre, à mi-chemin entre Marseille et le Rhône. Par sa position stratégique pour le commerce maritime et le contrôle de la région, le Fort de Bouc a de tous temps eu une fonction double, à la fois ouvrage défensif et phare. Il est inscrit au titre des monuments historiques depuis le 6 janvier 1930.
En 1993, la Ville de Martigues s'est engagée dans la sauvegarde et la réhabilitation du Fort de Bouc. Après des travaux de restauration et pour la première fois de son histoire millénaire, en 2007 le Fort de Bouc s'est ouvert au public, offrant aux visiteurs un véritable voyage dans le temps.
Le fort de Bouc est enclavé géographiquement dans les installations du port pétrolier de Lavéra. De ce fait, sa fréquentation et son usage sont assujettis à diverses contraintes particulières.